棉花基因組數據集

數據集總體介紹

棉屬包括幾種不同的棉種。它是一種重要的農藝纖維作物,是熱帶和溫帶地區的重要油料作物。棉花種子產生毛狀體,是特化的種子毛,是最長的植物細胞之一。除了它的經濟價值外,棉花在生物學研究中也具有重要作用,研究者利用棉花建立了一個有趣的系統,來研究與細胞分化、細胞膨脹和細胞壁變化有關的基本細胞過程。栽培種棉花的染色體倍性分布在二倍體(2n=26)和異源四倍體(2n = 4x = 52) 之間。異源四倍體物種陸地棉(G. hirsutum L.)是世界上最重要的纖維作物和模式多倍體作物。棉屬包括46個二倍體和5個四倍體棉種,所有的二倍體棉種均來自同一祖先,經演化形成了A、B、C、D、E、F、G和K基因組,四倍體棉種的基因組類型為AD。目前認為AD基因組是由A基因組祖先與D基因組祖先雜交后染色體加倍而形成的,其中就包括陸地棉。高質量組裝異源多倍體植物基因組是一個艱難的任務,因為這種基因組比較大,包含大量的重復序列和高度同源的亞基因組。2007年12月,棉花所聯合國內外優勢科研單位,率先在國際上牽頭啟動了棉花基因組計劃。2012年8月,雷蒙德氏棉(D基因組)全基因組圖譜繪制完成。2014年4月,亞洲棉(A基因組)全基因組測序完成工作。在上述工作的基礎上,2015年4月,完成了四倍體棉花-陸地棉(AD組)基因組的測序、組裝及分析工作。

數據列表

棉花-華大基因 PRJNA320881 PRJNA259930

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